山口県の小学校に赴任した新米教師の三輪元は、クラスの子供たちとほたるの飼育を始める。しかし、ほたるを育てるのは難しい上、教頭先生の反対や汚れた川の清掃、突然持ち上がった護岸工事計画、そして台風など、様々な問題や困難が立ちはだかった。それでも、「ほたるが舞う夜には一番会いたい人に会える」と言うクラスメイトの言葉を信じ、それまで母親を亡くし心を閉ざしていた転校生・比加里も積極的に参加するようになり、その努力の甲斐あって、一年後、ほたるは夜空に美しく舞うのであった。