ニューヨーク。スパイダーマンである15歳のピーター・パーカー(トム・ホランド)は、部活のノリで街を救う、ヒーロー気取りの高校生だ。アイアンマンことトニー・スターク(ロバート・ダウニー・Jr.)は、そんなピーターの能力を見出し、真のヒーローとしての“道”へと導こうとする。ピーターはスタークに新しいスーツまで作ってもらい、興奮して自分の力を認めてもらおうと日々街に飛び出していく。そんなある日、巨大な翼で空を飛ぶ怪物が突然街に現れる。ニューヨークの平和のために、ここぞとばかり怪物退治に乗り出そうとするピーターだったが、スタークは「アベンジャーズに任せておけ」と彼を止める。ピーターは子ども扱いに我慢ならず、スタークの忠告を振り切って戦おうとするが……。