2029年3月、総理大臣が暗殺される事件が起き、類まれなハッカースキルを持つ草薙素子(声:坂本真綾)の元上司である501機関のクルツも被害に遭う。草薙はバトー(声:松田健一郎)やトグサ(声:新垣樽助)といったはぐれ者たちと捜査をはじめるが、メンバーをパーツだと言い放ち反発される。捜査が進むにつれ、義体開発に大きく関わる技術的障害『デッドエンド』をめぐる政治的取引や、洗脳やゴーストへの侵入、疑似記憶の形成電脳ウィルス『ファイア・スターター』、さらに草薙の過去にも関することが事件に絡んでいることがわかる。事件の背景を掴んだ草薙は、メンバーに自分のゴーストに従うよう最後の命令を告げ、一人戦いに向かっていく。