幼い頃、父に徹底的に鍛えられた新免武蔵（細田善彦）は21歳の時、剣術の名門・吉岡家に挑むため、京を訪れる。当主・吉岡清十郎（原田龍二）との試合のつもりが、弟の伝七郎（武智健二）、さらに一門数十名との一乗寺下がり松での決闘となり、熾烈な戦いを繰り広げる。その頃、細川家の重臣・沢村大学（目黒祐樹）は、京の愛宕山で佐々木小次郎（松平健）と出会っていた。鎖鎌の宍戸、槍の道栄と戦った武蔵は、やがて細川家の剣術指南となった小次郎と雌雄を決することに……。