帝国暦488年(宇宙暦797年)。門閥貴族連合との内戦に勝利し、名実ともに銀河帝国の最高権力者となったラインハルト(声:宮野真守)。だが自らの半身ともいうべきキルヒアイスを喪った哀しみは、彼の心に暗い影を落としたままであった。一方、自由惑星同盟では、救国軍事会議によるクーデターを鎮圧したヤン・ウェンリー(声:鈴村健一)が、名将としての声望をますます高めていた。しかし、権力に固執する同盟政府の政治家たちは、ヤンへの警戒心を強めていく。翌年、銀河帝国軍はイゼルローン要塞の奪還作戦を開始。難攻不落を誇る軍事拠点に対し、ケンプ提督率いる帝国軍は驚くべき攻略法をもって攻めかかる。それは、これまでの歴史にない戦闘の始まりであった……。