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人間のすべての世話をロボットがしてくれる未来の空中都市・メトロシティ。科学省長官のテンマ博士（声：ニコラス・ケイジ）の息子・トビー（フレディ・ハイモア）は、父親似の優秀な少年だった。ある日、トビーは父親の研究を見ようと科学省に行き、ロボット兵器“ピースキーパー”の実験施設に潜り込む。しかし実験中に思わぬ事故が発生し、それに巻き込まれたトビーは命を落とす。テンマ博士は、トビーを最新型ロボットとしてよみがえらせようとする。テンマ博士はトビーにそっくりなロボットの人工頭脳に、トビーのDNAから採取した記憶をアップロードする。そして、仲間のお茶の水博士（ビル・ナイ）が開発した究極のエネルギー“ブルーコア”を搭載した。