横浜にある高級ホテル”レッドキャッスル“にやって来たコナンと小五郎は、そこで謎の男からある事件の真相を突き止めて欲しいと挑まれる。制限時間は12時間、もし事件を解決出来なければ、隣接するテーマパーク”ミラクルランド“にいる蘭たちの腕にはめられたフリーパスIDが爆発すると言う。早速、調査にあたったコナンは、依頼者から出されるヒントを頼りに、同じくこのゲームに参加させられていた平次ら高校生探偵たちと、その事件が、以前、馬車道で起こった現金輸送車襲撃と、その数日後に発生した容疑者・西尾射殺事件であることを掴む。