ビルが立ち並ぶ街の一角に、“マゴリアムおじさんの不思議なおもちゃ屋”はあった。世界の果てまで飛び続ける紙飛行機や抱き返してくれるぬいぐるみなど、まるで魔法のような物ばかりが置いてある。それもそのはず、おもちゃはすべて魔法使いのマゴリアムおじさん(ダスティン・ホフマン)によって生かされているのだ。オーナーのマゴリアムおじさんのもと、支配人として働く23歳のモリー(ナタリー・ポートマン)やお手伝いのエリック(ザック・ミルズ)もそんなお店を愛していた。しかしモリーはこの頃元気がない。天才ピアニストと称された腕を持ちながら、作曲に関してはただの一小節も思い浮かばないことから、本当の天才とは認められていないからだ。そんなある日、243歳になったマゴリアムおじさんが突然の引退宣言、モリーに跡継ぎを願い出る……。