人類未踏の地とされるマリワナ海溝を超える深海が発見された。沖合に海洋研究所を構えた探査チームが、最新の潜水艇で早速調査に乗り出す。生物がほぼ存在しない冷たい深海を超えると、そこには温かな海域が存在し、幻想的な未知の生物世界が広がっていた。世紀の発見に心躍らせる研究チーム。だが、巨大な“何か”に襲われ、身動きが取れなくなってしまう。救助に向かったのは、深海レスキューのプロ、ジョナス・テイラー(ジェイソン・ステイサム)。ところが、彼の目に飛び込んできたのは、200万年前に絶滅したと思われていた巨大ザメ“メガロドン”だった……。