時は、三代将軍徳川家光の治める徳川時代。ところは、九州の天草・島原。重税と度重なる飢饉に苦しむ農民たちは、迫害されながらもキリシタンを信仰し続けていた。そして、海の上を歩いて渡り、農民を武士たちの拷問から救い出し、天主デウスの言葉を伝える救世主・天の御子が現れることを心から待ち望んでいた。その頃、天草と島原には、ふたりのSHIROH という男がいた。ひとりは、島原の益田四郎時貞（上川隆也）。キリシタン大名、小西行長の家臣だった甚兵衛好次の長男である。甚兵衛は、幼い頃から不思議な力を宿していた四郎を旗頭に、幕府への反乱を起こそうと密かに画策していた。