アマゾン細胞によって誕生した人工生命体アマゾンは、人間による殲滅作戦によってほぼ駆除されていた。最後に残った水澤悠=仮面ライダーアマゾンオメガ(藤田富)と鷹山仁=仮面ライダーアマゾンアルファ(谷口賢志)を狩れば、すべてが終わるはずだった……。