オレンジ諸島の旅を続けるサトシたちの船が突然の嵐で流され、アーシア島に漂流する。お祭りで賑わうその島で、サトシは島の少女・フルーラに祭りの行事である"すぐれたあやつり人"の役目をおわされた。その頃、世界中の珍しい物を集める謎のコレクター、ジラルダンが、海の神と呼ばれる幻のポケモン、ルギアを手に入れようと画策していた。ルギアをゲットするために必要な、自然界を司る火の神・ファイヤー、雷の神・サンダー、氷の神・フリーザーを捕まえるため、オレンジ諸島に乗り込んだ。だがその途端、自然界のバランスが崩れ、世界は異常気象と天変地異に見舞われる。