全銀河を揺るがすクローン戦争も最後の大詰め。オビ＝ワン・ケノービ（ユアン・マクレガー）とアナキン・スカイウォーカー（ヘイデン・クリステンセン）は、ドロイド軍の人質となったパルパティーン最高議長（イアン・マクダーミド）を救出する命懸けの任務を遂行する。ジェダイの騎士でありながら、妊娠した美しい元老院議員パドメ・アミダラ（ナタリー・ポートマン）と密かに結婚し、二重生活を送っている危険な秘密を抱えることになったアナキン。そんな彼に、パルパティーンはパドメを失う恐怖心を利用しながら、フォースの禁断の力、ダークサイドについてアナキンに明かす。