CIAの極秘プログラム“トレッドストーン計画”によって生み出された暗殺者ジェイソン・ボーン(マット・デイモン)。記憶を取り戻した彼が消息を絶ち何年もの歳月が経過したある日、世間から姿を消して生活していたボーンの元にCIAの元同僚であるニッキ―(ジュリア・スタイルズ)が現れる。彼女は、CIAが世界中の情報を監視・操作する事を目的とした極秘プログラムが始動したという情報を告げ、さらにボーンの過去にまつわる衝撃的な真実を明かす。それはボーンにとって新たな戦いの始まりを意味していた。ボーンは再び姿を現し、追跡を任されたCIAエージェントのリー(アリシア・ヴィキャンデル)は、彼が最も求めているものを提供すれば、再度CIA側に取り込めるのではないかと考え始める。しかし“史上最も危険な兵器”であるボーンは、追跡者が想像すらできないある目的を持って動いていた……。