高い壁に囲まれた巨大な迷路への扉は、朝になると開き、夜が訪れる前に閉じられる。夜の間、迷路はその構造を変化させ、二度と同じ道順は出現しない。そんな謎の迷路に囲まれたエリアに、月に一度、生活物資とともに新しい“ランナー”が送り込まれてくる。記憶を失い、かろうじて自分の名前だけを思い出すランナーたちは、コミュニティを形成。選ばれた数名が迷路の構造を調査し、この地からの脱出法を探していた。だが迷路の扉が閉まる夜までに戻らなければ、彼らに命の保証はない。生き残るため、迷路の謎を解き明かすため、トーマス(ディラン・オブライアン)たちの空前のサバイバルが始まった……。