ある日、審神者が突然倒れてしまう。心配する刀剣男士たちをよそに、審神者は一向に目を覚ます様子がない。一方、審神者が倒れたことで時空転移装置が動かなくなり、遠征に出ていた三部隊が帰還できない。本丸に連絡もできず、いつ戻れるかもわからないまま、十八振の刀剣男士たちはそれぞれ、平安時代、戦国時代、江戸時代で過ごすことに。そのころとある本丸で、審神者が倒れたのは、別の時代に出陣していた部隊が持ち帰った玉鋼がきっかけであることを突き止める。しかし、審神者が意識を取り戻す方法はわからなかった。刀剣男士たちが困惑するなか、この本丸の始まりの一振りである加州清光（声：増田俊樹）は、審神者を目覚めさせるには“夢”の世界で審神者の心を開放しなければいけないと、クダギツネのこんのすけから聞く。加州清光は相棒の大和守安定（市来光弘）とともに、未知の世界へと出陣する……。