火星探査中に異星生物(スピーシーズ)に取り憑かれたパトリック(ジャスティン・レザード)はスピーシーズを増殖させる。事態を重く見た国防省のバージェス(ジョージ・ズンザ)は前回の事件の功労者プレス(マイケル・マドセン)と共に、あのスピーシーズのシルに人間の遺伝子を掛け合わせてクローン再生させたベイカー博士(マーグ・ヘルゲンバーガー)の研究所を訪ねる。彼らはそのイヴ(ナターシャ・ヘンドリッジ)のテレパシーを使ってパトリックを追う。やがてパトリックと感応しあったイヴはパトリックが潜んでいるスピーシーズの繭の巣窟に脱走。イヴの後を追った3人は、遺伝子疾患のために火星探査メンバーのなかでひとりだけ助かったデニス(ミケルティ・ウィリアムソン)の血液を培養した弾丸で応戦、スピーシーズを殲滅した。