ペンシルバニア州バックス郡。グラハム・ヘス(メル・ギブソン)は妻を交通事故で失ったことにより、神の存在を疑い、牧師をやめて農場を営んでいる。ある朝、ヘス家のとうもろこし畑に巨大なミステリーサークルができていた。最初はいたずらかと思ったが、飼い犬が突然凶暴化。また、世界中に同じことが起きており、町の人々は次々とミステリーサークルから遠い地域に避難していく。グラハムたちは思い出のつまった我が家から逃げるのを拒んでいたが、やがて宇宙人がヘス家に侵入してくる。グラハムの弟メリル(ホアキン・フェニックス)はバットを持って宇宙人と対決し、宇宙人が水に弱いことを発見。グラハムの幼い長男モーガン(ローリー・カルキン)は宇宙人に毒ガスを注入されたが、彼はぜんそくで灰が閉じていたため無事だった。その幸運により、グラハムは再び神の存在を信じるようになるのだった。