“ずんだアロー”で矢を放ち、どんな餅でもおいしいずんだ餅にすることができる東北ずん子(声：佐藤聡美)は、東北きりたん(声：茜屋日海夏)、東北イタコ(声：木戸衣吹)、中国うさぎ(声：桃河りか)、四国めたん(声：田中小雪)、九州そら(声：西田望見)らとともに、ずんだ餅を食べながら幸せに浸っていた。一方、大江戸ちゃんこ総帥(声：指出毬亜)率いる“納豆ファクトリー”の面々、中部つるぎ(声：濱口綾乃)、関西しのび(声：今村彩夏)、沖縄あわも(声：古賀葵)、北海道めろん(声：清水彩香)らは、納豆に使う大豆の量が減ることを恐れていた。ずんだの原料の枝豆と、納豆の原料の大豆は収穫時期が違うだけで実は同じ豆なのだ。沖縄あわもと北海道めろんは、ずん子の家に刺客として送られるが、そんななか、謎の第3勢力が現れる……。