1914年、ナイル河畔の地下神殿に書かれた古代文字をアメリカの考古学者が解読しようとしていた。火・水・土・風の4つの要素に囲まれた5つ目の何か……その謎に近づいた時、突如、空から巨大な船体が地上に降り立ち、船から出てきた謎の生物たちに神殿を守る神官がかしづく。神殿の壁を開いた生物たちは4つの要素を彫った石を持ち帰った。2214年、NY。正体不明の有機体が地球に接近していた。統一宇宙連邦のリンドバーグ大統領(ティニー・リスターJr.)に接見を求めたコーネリアス神父(イアン・ホルム)は、その有機体が5千年に一度地球にやっくる邪悪な反生命体であること、それを撃退するため、宇宙最高の知力を持つモンドシャワン人が4つの石を持って助けに来ることを告げた。だが、モンドシャワン人の宇宙船は、武器商人ゾーグ(ゲイリー・オールドマン)の手下に成り下がっているマンガロワ人に撃墜されてしまう。地球に持ち帰られた死体の一部から細胞を再生すると、完璧に均整のとれた肉体と緑の瞳を持つ一糸まとわぬ美しい少女が現れた。