毒ヘビ暗殺団で最強と言われた元エージェントの女、ザ・ブライド(ユマ・サーマン)が、4年間の昏睡状態から奇跡的に目を覚ます。彼女は自分の結婚式の最中に、かつてのボス、ビル(デイヴィッド・キャラダイン)とその手下たちに襲われ、頭を撃ち抜かれたのだ。友達も夫も、腹の中に宿っていた子供もみんな死んだ。ザ・ブライドは復讐の旅に出る。まずはナイフの使い手であるヴァニータ・グリーン(ヴィヴィカ・A・フォックス)の自宅で彼女を殺す。そして沖縄へ飛び、服部半蔵(サニー千葉)から刀を手に入れ、東京へ。青葉屋に乗り込み、暗殺集団クレイジー88を皆殺しに。少女の殺し屋ゴーゴー夕張(栗山千明)、さらに日本刀の名手オーレン・イシイ(ルーシー・リュー)も苦闘の末に倒す。そして飛行機の中、ビルの名で終わる復讐リストを書き記すのだった。