ゴッサム・シティ。敏腕検事だったが法廷で硫酸をかけられて、人格が変容、狂気に陥った怪人トゥー・フェイス(トミー・リー・ジョーンズ)が銀行を襲撃。警察署長ゴードン(パット・ヒングル)と多重人格の権威Dr.チェイス(ニコール・キッドマン)の要請で出動したバットマンは大惨事を未然に防ぐ。バットマンの正体は大企業家ブルース・ウェイン。彼の会社の研究員エドワード・ニグマ(ジム・キャリー)は、ウェインに自分が発明したマインド・コントロール装置を嬉々として見せるが、相手にされない。彼は工場長を自作の実験台にして殺害、怪人リドラーとなってウェインに奇妙ななぞなぞを送り始めた。幼いころ両親を殺害されたウェインは、幻覚に悩まされており、カウンセリングを受けにチェイスのもとへ。二人はサーカス見物にいくが、小屋がトゥー・フェイスに占拠され、爆弾騒ぎとなった。