人間社会から忌み嫌われているミュータントたち。「ミュータント登録法案」が成立するのを恐れているチャールズ・エグゼビア教授(パトリック・スチュアート)は、人類とミュータントの共存に希望を持っており、X-メンというミュータント・チームを組織していた。それに対抗するのが、ミュータントが人類を支配すべきだと主張するマグニートー(イアン・マッケラン)。そんなある時、カナダでミュータントの少女ローグ(アンナ・パキン)と、彼女を助けた謎のミュータント、ローガン(ヒュー・ジャックマン)を、マグニートーの手下が襲う。