近未来。コンピュータ・プログラマーのトーマス(キアヌ・リーヴス)は裏稼業ではネオと呼ばれる名うてのハッカーだったが、ある日、突然トリニティ(キャリー=アン・モス)と名乗る美女の接触を受け、彼女に導かれて、モーフィアス(ローレンス・フィッシュバーン)なる人物に会う。彼はトーマスが生きているこの世は、実はコンピュータが創造した仮想世界で、実際は彼らが造り出した巣の中で夢をみせられているだけだという恐るべき真実を告げる。