前作の悲劇から4年。ある日、インジェン社の会長ハモンド（リチャード・アッテンボロー）に呼び出されたイアン（ジェフ・ゴールドブラム）は、ある秘密を明かされた。実は「サイトＡ」である「ジュラシック・パーク」に恐竜たちを供給する遺伝子工場の「サイトＢ」がイスナ・ソルナ島に置かれていたというのだ。閉鎖され、放置された島では人知れず恐竜たちが生き延びて繁殖しているという。ハモンドはマルカムに島の調査を依頼され、ビデオ・ドキュメンタリー作家のニック（ヴィンス・ヴォーン）、フィールド用装備の専門家エディ（リチャード・シフ）と共に現地に向かったが、イアンの娘ケリー（ヴァネッサ・リー・チェスター）もトレーラーに潜り込んでいた。島には既にイアンの恋人で古生物学者のサラ（ジュリアン・ムーア）が入っており、合流した5人は恐竜たちが闊歩する世界に夢中になる。