念動力によってX-MENのメンバーを救い、洪水に飲み込まれていったジーン・グレイ（ファムケ・ヤンセン）の死からしばらく後のこと。幾人かのミュータントが、人類からの差別と迫害、ミュータント同士の愛憎関係のもつれなどが原因で、チャールズ・エグゼビア（パトリック・スチュワート）が主催するエグゼビア・スクールから去っていった。パイロを中心としたドロップアウト組は、人類のミュータント差別に対して武力で対抗し、人類打倒を目指すミュータントのテロリスト組織『ブラザーフッド』に加わっていた。リーダーは、旧友のプロフェッサーXと袂を分かったマグニートーこと、エリック・レーンシャー（イアン・マッケラン）だ。一方で、組織が弱体化したX-MENはウルヴァリン（ヒュー・ジャックマン）を筆頭に、ストーム（ハル・ベリー）、スクールの生徒からX-MENに昇格したローグ（アンナ・パキン）らがメンバーになっていた。