セント・キャスリン修道院の尼僧たちが、クリスプ氏(ジェームズ・コバーン)が理事長を務めるセント・フランシス高校で社会奉仕をする事になった。しかしそこは、構内暴力や非行が横行する問題校だった。シスター・メリー・パトリック(キャシー・ナジミー)やシスター・メアリー・ロバート(ウェンディー・マッケナ)たちはスレた悪ガキたちに手を焼き、修道院長(マギー・スミス)も困り果てる。尼僧たちは今やラスベガスのエンターティナーとなったデロリス(ウーピー・ゴールドバーグ)に助けを求める。フランシス高校は懐かしの母校でもあり、再び尼僧ファッションに身を包んだ彼女は、音楽教師として学校に潜り込んだ。授業そっちのけで騒ぐ生徒たちや石頭の教師たちに驚きながらも、彼女はユニークな授業を続けるが校長たちの反発にあう。そして、荒れた学校に平和が戻らなければ今年中に閉校という計画がある事を耳にする……。