明治維新の1870年代。西洋式の戦術を日本政府軍に教えるため、南北戦争の英雄ネイサン・オールグレン(トム・クルーズ)が来日する。だが彼はアメリカ政府のやり方に失望、また自分が果たしたインディアン討伐を悔いており、魂を失っていた。一方、武士の勝元盛次(渡辺謙)も、近代化の波により、自分の信じる武士道が崩壊しかけていることを感じていた。勝元や彼の妹たか(小雪)らと共に武家で生活することになったオールグレンは、外国文化を嫌う武士の氏尾(真田広之)らと対立しつつも、武士道に惹かれ、やがて侍たちとの絆を深めていく。