仮面ライダーフォーゼの戦いが終わって5年。如月玄太朗（福士蒼汰）は教師として日々、学内の問題児たちと向き合っていた。その頃、かつて人類から“悪魔”と呼ばれ、地底へ追われた“アクマイザー”の3人、ザタン、イール、ガーラが数千年の時を経て復活。彼らは、人間の精神世界“アンダーワールド”の魔力を使って、これまで仮面ライダーたちによって倒された怪人たちを次々と蘇らせてゆく。そして今まさに、アクマイザーによる地上征服計画が始まろうとしていた……。