突如出現した巨人たちに人類の大半が捕食され、文明は崩壊。生き残った者たちは巨人たちに侵攻されないよう巨大な壁を三重に築き、その内側で暮らしはじめた。それから100年以上経ち惨劇の記憶が薄れていく中、壁の外の世界に憧れるエレン(三浦春馬)は安穏と暮らす人々に苛立ちを募らせていた。しかしある日突然想定外の超大型巨人により壁が崩され、侵攻してきた巨人たちに人々は次々に食べられていく。2年後、人類はより内部への撤退を余儀なくされていた。対巨人兵器、立体機動装置によって武装した調査団が結成され、エレンらは外壁を修復する決死の作戦に赴く。その途中、巨人の襲撃にあい、仲間のアルミン(本郷奏多)をかばったエレンは飲み込まれてしまうが……。