モハベ砂漠にある寂れたダイナーに、客として1人の老婆が訪れる。その老婆は突然怪物となり、天井を駆け上がる。ダイナーの外は、虫の大群に取り囲まれている。店にいた人々が恐怖に立ちすくんでいると、大量の武器で武装した男ミカエル(ポール・ベタニー)が、どこからともなく現れる。ミカエルは、これらは堕落した人間を見限った神が、世界を一掃するために遣わしたと話す。また、ダイナーのウェイトレスであるチャーリー(エイドリアンヌ・パリッキ)のお腹の子が無事に育つことが、人類を救う唯一の方法であると告げる。ミカエルの正体は、翼を捨て、人間の味方をすることになった大天使ミカエルだった。やがて、鋼鉄の翼を持ったもう一方の大天使ガブリエル(ケヴィン・デュランド)が、天使軍団“レギオン”を率いて現れる。