これから始まる夢の試合に湧き上がる大観衆が見守る新ホーリーロードスタジアムに、ベストイレブンンメンバーたちが次々と姿を現す。円堂守（声：竹内順子）、松風天馬（寺崎裕香）、豪炎寺修也（野島裕史）など、名実ともに一流のプレイヤーたちと、彼らを率いる響木監督……。ベストイレブンの登場で、会場の熱気は最高潮に達する。そのとき、エイリア学園のグランを筆頭に、かつて激戦を繰り広げた仲間たちからなる対戦相手が現れる。かつての仲間や強敵と試合ができることに、喜びを隠せない選手たち。試合開始のホイッスルが鳴り響き、時空を超えたメンバーたちによるイナズマイレブン史上最大のサッカーバトルが始まる……。