幻のポケットモンスター、ミュウの化石から、人間の手によって作られたミュウツー。コピーとして生まれた彼は、自らのアイデンティティーに苦悩し、やがて人間への復讐を企てるようになる。そんなある日、ポケモンマスターを目指し、修行の旅を続けるサトシ少年の元に一通の招待状が届いた。それはミュウツーの仕組んだ罠であったが、そうとは知らないサトシたちは大荒れの海を渡って会場へと向かう。同じ頃、サトシたちの後を追って会場に忍び込んだロケット団は、地下の部屋でポケモンのコピー製造機を発見していた。ミュウツーは、あらゆるポケモンをゲットし、オリジナルより優れたコピーを生産することによって地球支配を狙っていたのだ。