2194年、外宇宙に現れた正体不明の敵ガミラスが、地球に向けて攻撃を始める。人類は各国の全戦力を結集して対抗するが、全軍壊滅。ガミラスは遊星爆弾を投下し、人類の大半を死滅させる。それから5年後、遊星爆弾によって放射能汚染された地上を離れ、わずかに生き残った人類は地下での暮らしを余儀なくされていた。そんななか、かつてのエースパイロット古代進(木村拓哉)は、ガミラスの攻撃で家族を失った悲しみから軍を退き、失意の日々を送っていた。