ノウ博士（声：岩崎ひろし）が発明した画期的なマシン、通称ヒポ号は、ナノサイズになって体の中に入り、今まで治せなかった病気を治療するための人体探査機だった。ノウ博士とサバイバルの達人ジオ（声：松田颯水）がヒポ号に乗り込んだところ、そうとは知らずにピピ（声：潘めぐみ）がうっかり飲み込んでしまう。滝のような猛スピードでピピの体の中に流れ込んだジオとノウ博士は、胃から腸へと向かって脱出するため、体の中の道なき道を進んでいく。しかし怪獣のような巨大生物に襲われ、ヒポ号のエネルギーが切れるなど、次々に大ピンチに見舞われてしまう。さらには大腸の壁から毛細血管に吸収され、脱出不可能の危機に。そこでノウ博士とジオはピピの体の中から脱出するためにある作戦を取る。