小学3年生の姫乃（声：清水葉月）は、お父さん（板倉光隆）、お母さん（水野理紗）と田舎の大きな屋敷に引っ越してくる。そこはなんと忍者屋敷だった。炎を操る赤巻（犬山イヌコ）、水回り担当の青巻（山崎バニラ）、日曜大工担当の黄色巻（一龍斎貞友）は、姫乃を姫と勘違いして、それぞれの得意技で問題を解決していく。さらに、青巻と黄色巻の分身が合体して混ざると植物の世話をする緑巻（長縄まりあ）が、同様に赤巻と青巻で占星術を得意とする紫巻（キンタロー。）が、赤巻と黄色巻で橙巻（柳原哲也）が誕生する。そんな色とりどりの忍者たちとの生活が始まる一方、屋敷に巨大な竜巻が近づいていた。姫乃たち一家はどうなるのか？ カラフルな忍者たちは、姫乃を守ることができるのか？