ペンギンコートを着て、夜な夜な街を歩き回る少女ココ(声:森迫永依)の夢はいつか空を飛ぶこと。それは「ペンギンだって空を飛べる」と言っていた亡き父(高橋ジョージ)の言葉でもあった。ある夜、ふと見つけたペンギンのカプセルを家に帰って開けてみると、中に入っていた人形が突然動き出す。その不思議な人形に案内されるまま、ココは夜の街へと出て行き、ペンギングッズだらけのペンギンストアにたどり着く。