山深い伊賀の里から現代の江戸へ、最後の修行にやって来た服部カンゾウこと“忍者ハットリくん”。初めに出会った小学3年生の三葉ケンイチを主に選んだ彼は、「主以外の者には決して姿を見せてはならぬ」と言う掟に従いながら、ちょっとおかしな都会生活をスタートさせる。ある日、ケンイチのクラスに産休教師として新担任のサトーが赴任して来た。