トップハム・ハット卿の古い友人、ノランビー伯爵が長年の世界探検を終え、スティーブンとミリーの2台の蒸気機関車とともにソドー島に帰ってきた。その頃、トーマスたちはウルフステッド城の再建作業の真っ最中。そんな彼らと一緒に作業を始めるスティーブンとミリーだったが、突然スティーブンが行方不明になってしまう。ウルフステッド城の再建セレモニーが迫り、トーマスが彼を懸命に捜し出す中、閉じ込められたスティーブンはあるものを見つける……。