巨大迷路の出口を見つけ、なんとか脱出したトーマス(ディラン・オブライエン)やテレサ(カヤ・スコデラリオ)、ニュート(トーマス・ブロディ=サングスター)たちであったが、姿を現した謎の組織WCKDによって自分たちが“選ばれし者”であり、さらに過酷な運命が待ち構えていることを知る。その“第2ステージ”は、すべての命を死に導く灼熱の砂漠。あちこちに仕掛けられた攻略不能のトラップ、新たな仲間との友情と裏切り、そしてさらに深まる謎がトーマスたちを追い詰めていく。焦土と化した終末世界でサバイバルを繰り広げる中、やがてトーマスは禁断の事実を知ることとなる……。