ニューヨーク市より営業停止処分をうけたゴーストバスターズが解散して5年の月日が流れた。ある日ディナ(シガニー・ウィーヴアー)の8カ月になる息子オスカーを乗せた乳母車が突然動き出す事件が起き、彼女はピーター(ビル・マーレイ)には内緒で、イゴン(ハロルド・レイミス)に真相解明を依頼する。それを知ったピーターはこれをきっかけにディナとヨリを戻そうと必死になる。やがて彼らは、今は廃止された旧ニューヨーク地下鉄に、スライム化した霊体が流れているのを発見する。しかしこの調査によってニューヨーク市全体が停電してしまう事件が起き、彼らは裁判にかけられることになるが、その時にサンプル収集したスライムからゴーストが現われ、それを退治することでゴーストバスターズは再結成を許可されるのだった。