神々の国オリンポス山の支配者ゼウス(声/リップ・トーン)に、息子が生まれた。ヘラクレスと名付けられた赤ん坊は驚くほどの力の持ち主だった。ゼウスは翼のある馬ペガサスを従者としてヘラクレスに贈った。一方、死者の国の神ハデス(声/ジェームズ・ウッズ)は3人の魔女たちから「18年後、惑星が直列に並ぶ時、ゼウスを倒す好機となろう」と予言を告げられる。だが、「ヘラクレスが立ちはだかり、おまえは破れ去るだろう」と聞いたハデスは、手下のペインとパニックに命じて彼を地上に追いやった。人間の夫婦に拾われて育てられたヘラクレス(声/テイト・ドノヴァン)は、やがてたくましい若者に成長。だが、その怪力をコントロールできず、周囲から孤立していた。やがて、自分が実はゼウスの子であると知ったヘラクレスは故郷を目指した。オリンポス山へのパスポートはただ一つ、本物の英雄になること。伝説の英雄を育て上げてきたトレーナー、ピロクテテスことフィル(声/ダニー・デヴィート)のコーチを受けたヘラクレスは、崩壊寸前の都市テーベで美しい娘メグ(声/スーザン・イーガン)から、岩の下敷きになった2人の少年を助けてほしいと頼まれる。