ピーター(トム・ホランド)はミステリオ(ジェイク・ギレンホール)を倒したものの、デイリー・ビューグル紙がミステリオの遺した映像を世界に向け公開。ピーターがスパイダーマンであることが暴かれ、ミステリオ殺害の容疑をかけられてしまう。ピーターは大切な人に危険が及ぶことを危惧し、共にサノスと闘ったドクター・ストレンジ(ベネディクト・カンバーバッチ)に自分がスパイダーマンだと知られていない世界にしてほしいと頼む。しかしドクター・ストレンジが呪文を唱えたところ、時空が歪み、マルチバースの扉が開かれてしまい……。