N.Y.セントラルパーク近くにあるリトル家は、パパ(ヒュー・ローリー)とママ(ジーナ・デイヴィス)、息子のジョージ(ジョナサン・リプニッキ)の3人家族。「弟が欲しい!」というジョージの希望もあり、パパとママは養子縁組みをすることに。が、施設に養子選びに出向いたリトル夫妻がピンと来たのは、人間の子供ではなく、ネズミのスチュアート(声=マイケル・J・フォックス)だった。スチュアートは賢く、優しい心の持ち主。しかし、ジョージは新たな弟がネズミと知ってがっかり。飼猫のスノーベルもひがんで彼をいじめる。だが、スチュアートはめげず、リモコンのヨットレースに参加するジョージに協力、いじめっ子のヨットをみごと追い抜いて優勝。ジョージはスチュアートを「大切な弟」と認めるようになった。