トップクラスの能力を有する者だけが入学できる超エリート校Ｙ学園。寺刃ジンペイ（声：田村睦心）は、Ｙ学園に新たに設けられた選出基準YSPにより選ばれた。そんなジンペイたちに、学園の不思議解明ミッションが課せられる。ジンペイたちYSPクラブは、数々の怪事件、そして学園に隠された謎に挑んでいく。