2045年、全ての国家を震撼させる経済災害・全世界同時デフォルトとAIの爆発的な進化により、世界は計画的かつ持続可能な戦争サスティナブル・ウォーへと突入。電脳社会に突如出現した新人類ポスト・ヒューマンによる電脳犯罪を阻止するため、全身義体のサイボーグ・草薙素子率いる公安９課は先の大戦で廃墟と化した東京へ向かった。奪取された原子力潜水艦による核大戦の危機が迫る中、公安9課、アメリカ、ポスト・ヒューマンによる三つ巴の戦闘が激化し……。