戦いの末に自分たちの世界を取り戻したガッチャマンこと健、テッカマンこと城二、ポリマーこと武士、キャシャーンこと鉄也の4人は、それぞれが生きるべき場所へと戻る。しかしある目的のため、笑と共に再び時空を超え一つの世界へ向かう。そこは、平和を脅かす人類の敵ギャラクターの脅威にガッチャマン率いる科学忍者隊が対抗し続ける世界だった。その世界の様子にどこか違和感を覚える彼らの前に科学忍者隊創設者・南部博士が現れるが、見知ったはずの健に不審な表情を向け、ヒーローたちが自分の敵であるような言葉を発する。その様子をビルの上から見る科学忍者隊のナンバー2、コンドルのジョーの影。ヒーローたちの新たな戦いの幕が切って落とされる。