熾烈を極める国家間の情報戦を生き残るために一縷の望みを託された警察省警備庁・特別公安局外事五係、通称“サクラ”。彼らは国籍も過去も持たず、任務遂行のためには死をも辞さないスパイであった。教育を受けた“チャーチ”と呼ばれる特殊機関の卒業試験を受ける際に組んだ相手、すなわち“メサイア”以外は、任務失敗したサクラを救ってはならない掟があった。任務に失敗し自分の“メサイア”を失ったサクラ候補生の司馬柊介(浜尾京介)は、同様の境遇である五条颯真(太田基裕)と新たに組むよう任命される。互いのことを認められないうちに、彼らに任務が下る……。