デルフィングを組み込んで編成された特別遊撃隊“ミレニル部隊”の訓練中、部隊は先の戦闘で接収したエルテーミスに突如襲われる。ゼス(声:神谷浩史)ですら手こずった機体を易々と操縦したのは、バルド将軍(菅原正志)の息子にしてミレニル部隊の隊員候補・ジルグ(鳥海浩輔)であった。隊員たちに動揺が走る中、ライガット(保志総一朗)は意外な行動に出る。一方、アテネスでは遂にボルキュス(中井和哉)大隊が出陣。迎え撃つバルド大隊との、雌雄を決する大衝突が始まろうとしていた……。