元天才外科医で最強の魔術師ドクター・ストレンジ（ベネディクト・カンバーバッチ）は、時間と空間を自在に操る魔術の中で最も危険とされる禁断の呪文によって、“マルチバース”と呼ばれる謎に満ちた狂気の扉を開いてしまう。何もかもが変わりつつある世界を元に戻すため、ストレンジはアベンジャーズ屈指の強大なパワーを誇る“スカーレット・ウィッチ”ことワンダ（エリザベス・オルセン）に助けを求める。だが、もはや彼らの力だけではどうにもならない恐るべき脅威が人類、そして全宇宙に迫っていた。さらに驚くべきことに、その宇宙最大の脅威は、ドクター・ストレンジと全く同じ姿をしていたのだ……。